O Pantanal Mato-grossense, bem como seus principais rios formadores estarão inseridos nesta Promotoria de Justiça de Bacia Hidrográfica: Rio Sepotuba, Rio Jauru, Rio Paraguai e parte sul da margem direita do Rio Cuiabá.
Com sede em Cáceres, essa circunscrição possuirá a extensão de 89.275 km², e compreenderá as comarcas de Araputanga, Arenápolis, Barra do Bugres, Diamantino, Jauru, Mirassol D’Oeste, Nortelândia, Poconé, Porto Esperidião, Rio Branco, São José dos Quatro Marcos e Tangará da Serra.
Devido à sua importância ecológica, o bioma Pantanal foi escolhido como um dos sítios de prioridade para a conservação mundial propostos pela Convenção RAMSAR.
Além disso, o Pantanal representa a maior planície alagável do mundo e é entendido constitucionalmente como patrimônio nacional, necessitando de ações específicas que assegurem a preservação do meio ambiente, inclusive quanto ao uso dos recursos naturais (CF, Art. 225 § 4º).
Em que pese a proteção constitucional destinada ao Pantanal, seus mananciais sofrem intensa intervenção, já contribuindo com 70% de sua capacidade e possibilidade de uso, de acordo com pesquisa da Dra. Débora Calheiros, da EMBRAPA / Pantanal. Inobstante as restrições necessárias ao equilíbrio ecológico da maior planície alagável do mundo e de sua riquíssima biodiversidade, encontram-se operando nessa bacia hidrográfica 4 UHES e 15 PCHs, somadas a outras 46 em fase de instalação, assim como 3 UTHs em funcionamento.
Além disso, a região sofre com as queimadas, que atingiram o importe de 242 focos de calor no período proibitivo 2014, e a atividade de extração minerária abrange 15.501 km² da localidade.
Importante mencionar ainda a chegada de grandes lavouras de soja, principalmente nas áreas planas da borda do Pantanal, assim como a utilização de grande quantidade de insumos agrícolas (agrotóxicos e fertilizantes químicos) utilizados neste modelo de produção, o que representa um grande risco à biodiversidade do Pantanal, principalmente aos organismos aquáticos (ex. peixes). A atividade vem sendo incentivada pelo baixo preço das terras na região e pela promessa de facilidade logística de escoamento da produção com a instalação da hidrovia no rio Paraguai.
No tocante à instalação desta hidrovia, mencione-se que os impactos ambientais advindos de sua instalação podem ser devastadores para o bioma Pantanal, uma vez que, para a locomoção das grandes barcaças, são necessários aprofundamentos e retificações do leito do rio, fazendo com que a água escoe com maior velocidade, podendo alterar os regimes naturais de duração e intensidade do pulso de inundação do Pantanal.
Na ausência de uma legislação específica, este diferenciado bioma, regido por pulsos monomodais de inundação (aqueles que ocorrem uma vez por ano), se torna vulnerável ao tipo de ocupação e uso permitido pela legislação vigente, que é apropriada para os ambientes exclusivamente terrestres.
Nesta região está inserido o pouco conhecido Parque Estadual do Guirá, com cerca de 100.000 ha (cem mil hectares) de área localizado no Município de Cáceres, na fronteira com a Bolívia. Apesar de legalmente criado há doze anos, esta Unidade de Conservação de Proteção Integral ainda não exerce seu objetivo de garantir a proteção dos recursos da biota e a conservação das espécies da fauna nativa, preservando amostras significativas dos ecossistemas existentes na área e proporcionando oportunidades controladas para uso público, educação e pesquisa científica (Lei nº 7.625/2002).
Tal condição especial, exige uma atuação com prioridades diferenciadas, justificando plenamente a criação de uma Promotoria de Justiça específica para esta bacia hidrográfica.]
Comarcas: Araputanga, Arenápolis, Barra do Bugres, Diamantino, Jauru, Mirassol D’Oeste, Nortelândia, Poconé, Porto Esperidião, Rio Branco, São José dos Quatro Marcos e Tangará da Serra